Транспортировка лодки была сложной инженерно-логистической операцией. 27 августа лодка отшвартовалась от Зимней пристани Кронштадта и отправилась в акваторию Выборгского судостроительного завода. Перед буксировкой к лодке были прикреплены понтоны, которые после ее швартовки на месте доковой операции были сняты с помощью плавучих кранов.
После этого лодка была установлена на погружной барже «Атлант» и транспортирована в Кронштадт. Затем лодка была разделена на две части и выгружена на берег в кронштадтском портовом терминале «Моби Дик» с помощью самоходных осей.
АПЛ К-3 «Ленинский комсомол» является важной частью истории отечественного атомного подводного флота. В 1962 году она впервые в ВМФ совершила длительный поход подо льдами Северного Ледовитого океана.